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Melatonina efectos secundarios: qué aparece y con qué frecuencia

La melatonina tiene fama de inofensiva, y en dosis normales su perfil de efectos adversos es realmente discreto. Pero «discreto» no es «cero», y hay tres cosas que casi nadie menciona: lo mal etiquetados que están muchos productos, con quién no se lleva bien, y por qué el efecto molesto más habitual no es toxicidad sino mala hora.

Por Jan Kohlhaas · 8 min de lectura · Actualizado el 02/11/2026 · Información general de bienestar, no un diagnóstico médico

La respuesta corta

En las revisiones sistemáticas de ensayos aleatorizados, los efectos secundarios de la melatonina son poco frecuentes y leves: somnolencia diurna en torno al 1,7 % de los participantes, cefalea, mareo y otros efectos relacionados con el sueño por debajo del 1 % cada uno. Casi todos desaparecen solos en unos días o al dejar de tomarla. Las contraindicaciones y precauciones que sí importan son el embarazo y la lactancia, la infancia sin indicación médica, la epilepsia, las enfermedades autoinmunes y el uso junto a anticoagulantes, antihipertensivos o inmunosupresores. Hay dos problemas menos comentados: el contenido real de los suplementos varía enormemente respecto a la etiqueta, y las intoxicaciones pediátricas por ingestión accidental se han disparado. Si notas resaca matinal, el sospechoso número uno no es la dosis, es la hora.

Casi todas las páginas sobre este tema hacen lo mismo: sueltan una lista de veinte síntomas posibles sin decir cuántas personas los tienen. Así cualquier sustancia parece peligrosa. Aquí vamos al revés: primero las cifras de los ensayos, después las situaciones en las que de verdad hay que tener cuidado, y al final dos problemas que no salen en la ficha del producto y que en la práctica causan más disgustos que la molécula en sí.

Melatonina efectos secundarios: las cifras de los ensayos

Una revisión sistemática de 2019 recogió 37 ensayos aleatorizados y controlados con placebo de melatonina para trastornos del sueño, con dosis diarias entre 0,15 y 12 mg y seguimientos de hasta 29 semanas. Los efectos adversos notificados con más frecuencia fueron:

  • Somnolencia diurna, 1,66 %. El más común con diferencia. En la práctica es la «resaca» de melatonina: te levantas espeso, como si aún fuera de noche.
  • Cefalea, 0,74 %. Dolor de cabeza leve, normalmente el primer día o dos.
  • Otros efectos relacionados con el sueño, 0,74 %. Sueños muy vívidos, pesadillas, sensación de sueño más agitado.
  • Mareo, 0,74 %.
  • Hipotermia, 0,62 %. Descenso leve de la temperatura corporal, coherente con lo que la melatonina hace de forma natural al anochecer.

Los autores registraron muy pocos efectos considerados graves o clínicamente relevantes; entre los que aparecieron alguna vez estaban agitación, fatiga, cambios de humor, pesadillas, irritación cutánea y palpitaciones. Y un dato práctico importante: la mayoría se resolvieron solos en unos días sin tocar la dosis, o inmediatamente al suspenderla. Una segunda revisión crítica del mismo año, sobre 50 estudios controlados, llegó a una conclusión parecida (perfil de seguridad generalmente favorable), pero añadió un matiz que conviene retener: los pocos efectos sobre función endocrina (parámetros reproductivos, metabolismo de la glucosa) y cardiovascular (tensión arterial, frecuencia cardiaca) que se detectaron dependían de la dosis, de la hora de la toma y de posibles interacciones con antihipertensivos.

Estructura química de la melatonina (N-acetil-5-metoxitriptamina). Es una hormona endógena, no un fármaco sintetizado desde cero: por eso su perfil de efectos adversos es discreto, pero también por eso interactúa con sistemas hormonales.
Estructura química de la melatonina (N-acetil-5-metoxitriptamina). Es una hormona endógena, no un fármaco sintetizado desde cero: por eso su perfil de efectos adversos es discreto, pero también por eso interactúa con sistemas hormonales. Estructura molecular de melatonina · PubChem (dominio público)

Contraindicaciones y situaciones de precaución

Aquí no hay una lista oficial universal, porque en Europa la melatonina está a caballo entre medicamento y complemento alimenticio según la dosis. Pero hay situaciones en las que el consenso clínico es pedir opinión médica antes:

  • Embarazo y lactancia. No hay datos suficientes de seguridad en humanos. No es que se haya demostrado daño: es que no se ha estudiado lo bastante como para decir que no lo hay. Si el problema es dormir estando embarazada, hay un abordaje específico y mucho mejor estudiado.
  • Niños y adolescentes, sin indicación médica. El uso pediátrico con mejor evidencia está en trastornos del neurodesarrollo y lo pauta un especialista. Fuera de eso, la decisión no debería tomarse en el pasillo de la farmacia.
  • Anticoagulantes y antiagregantes. Se ha descrito potenciación del efecto; con warfarina especialmente.
  • Antihipertensivos. La interacción funciona en los dos sentidos y depende de la hora de la toma: motivo suficiente para comentarlo si tomas tensión.
  • Epilepsia. Los datos son contradictorios (en algunos estudios ayuda, en otros se han descrito más crisis) y eso, en epilepsia, significa consultar.
  • Enfermedades autoinmunes e inmunosupresores. La melatonina tiene actividad inmunomoduladora; con tratamiento inmunosupresor la combinación no es trivial.
  • Diabetes o prediabetes. La melatonina tomada cerca de una comida puede empeorar la tolerancia a la glucosa en algunas personas. Separarla de la cena es lo prudente.
  • Conducción y maquinaria. Si la tomas y tienes que conducir en las horas siguientes, no lo hagas: la somnolencia es el efecto más frecuente por algo.

El problema que no está en la etiqueta

Este es el hallazgo que más debería cambiar tu forma de comprar. Un análisis publicado en 2017 cuantificó por cromatografía el contenido real de 31 suplementos comerciales de melatonina. El contenido osciló entre un 83 % menos y un 478 % más de lo que declaraba la etiqueta. Más del 71 % de los productos se salía de un margen del 10 % respecto a lo anunciado, y dentro de un mismo producto la variación entre lotes llegó al 465 %. Por si fuera poco, ocho de los suplementos contenían serotonina, de 1 a 75 microgramos, una sustancia que no pinta nada en un suplemento de venta libre.

La consecuencia práctica es incómoda: cuando alguien dice «tomo 3 mg», a menudo no sabe lo que está tomando, y ajustar la dosis con precisión es imposible si la referencia baila. Es un argumento de peso a favor de los preparados con control farmacéutico frente a las gominolas de importación.

La vía de la luz hasta la glándula pineal, el sistema que fabrica la melatonina propia. Buena parte de los efectos no deseados aparece al empujar contra este reloj a la hora equivocada.
La vía de la luz hasta la glándula pineal, el sistema que fabrica la melatonina propia. Buena parte de los efectos no deseados aparece al empujar contra este reloj a la hora equivocada. Christine Blume, Corrado Garbazza & Manuel Spitschan · CC BY 4.0 · Wikimedia Commons

Guárdala como guardarías un medicamento. Entre 2012 y 2021, los centros de toxicología de Estados Unidos registraron 260.435 ingestiones pediátricas de melatonina, con un aumento anual del 530 %. La mayoría fueron ingestiones no intencionadas en menores de cinco años, y en ese periodo cinco niños necesitaron ventilación mecánica y dos fallecieron. El envase con forma de caramelo es parte del problema: fuera del alcance de los niños, con cierre, y nunca en la mesilla.

Cómo leer los porcentajes de los ensayos

Un 1,66 % significa que, de cada 100 personas que tomaron melatonina en esos ensayos, unas dos notificaron somnolencia diurna. Es una frecuencia por participante, con dosis diarias de entre 0,15 y 12 mg y seguimientos de hasta 29 semanas. No distingue por sí sola entre el efecto de la sustancia y el de la expectativa, y no describe qué pasa con un producto que lleva más o menos de lo que dice la etiqueta, que es justo el problema de la siguiente sección. Las cifras sirven para ordenar la frecuencia de los efectos, no para predecir qué te pasará a ti.

Melatonina en pastillas, de liberación prolongada o en gotas: qué cambia

La forma de tomarla cambia cuándo aparece en sangre, no qué es. Para la melatonina de liberación prolongada hay un dato regulatorio concreto: según la ficha de la Agencia Europea de Medicamentos, el comprimido de 2 mg (Circadin), que libera la melatonina despacio durante unas horas, está autorizado en la UE como medicamento con receta, solo para el tratamiento a corto plazo del insomnio primario en personas de 55 años o más: un comprimido al día, una o dos horas antes de acostarse y después de comer, hasta 13 semanas. En los tres estudios principales, con 681 pacientes mayores de 55 años, el 32 % de quienes lo tomaron (86 de 265) notificó una mejoría significativa a las tres semanas, frente al 19 % con placebo (51 de 272).

Un ensayo de 2007 con 354 personas de 55 a 80 años y tres semanas de tratamiento midió el tiempo para dormirse: bajó 24,3 minutos con la melatonina de liberación prolongada y 12,9 con placebo. Describe lo que pasó en ese grupo de edad y con ese preparado, no es una indicación para ti, y no se puede aplicar sin más a los suplementos en pastillas, cuya dosis y liberación son otras.

Qué hace la melatonina en el sueño, en general, es modesto. En un metaanálisis de 19 estudios con 1.683 personas, tomarla redujo el tiempo para dormirse en unos 7 minutos (intervalo del 95 %: 4,4 a 9,8) y aumentó el tiempo total de sueño en unos 8 minutos (1,7 a 14,8) frente a placebo, con un efecto algo mayor en los ensayos más largos y con dosis más altas. Es una señal que adelanta el reloj, no un sedante: por eso la hora de la toma pesa más que la cantidad.

Interacciones: un ejemplo con números

En el apartado de las contraindicaciones la lista suena abstracta hasta que se ve una cifra. En un estudio farmacocinético con cinco voluntarios sanos que tomaron 5 mg de melatonina con o sin 50 mg de fluvoxamina (un antidepresivo), la presencia del antidepresivo multiplicó por 17 el área bajo la curva de concentración de melatonina y por 12 su pico en sangre. La vida media de eliminación no cambió de forma significativa. El estudio es pequeño y de 2000, y no dice que esa combinación sea peligrosa en una persona concreta; lo que enseña es que «un poco más» puede ser mucho más cuando otro fármaco frena la eliminación. Por eso, si tomas medicación habitual, la pregunta a la farmacia o al médico no es opcional.

En el buscador, «contraindicaciones melatonina» suele esconder esa pregunta concreta: con qué no se lleva. La respuesta depende de tu lista de medicamentos y de tu situación, y no la puede dar una lista general.

Qué hacer si crees que te ha sentado mal

  • Apunta los datos. Marca del producto y lote, cantidad, hora de la toma, otros medicamentos del mismo día y cuándo apareció el síntoma.
  • Fíjate en la hora antes que en la cantidad. La somnolencia por la mañana suele indicar una toma demasiado tardía.
  • Consúltalo con tu farmacéutico o tu médico con esos datos delante.
  • Comunícalo. En España, la Agencia Española de Medicamentos y Productos Sanitarios (AEMPS) permite a los ciudadanos notificar sospechas de reacciones adversas a medicamentos, algo que ayuda a vigilar su seguridad.

Cuando el efecto molesto es de hora, no de dosis

Muchas de las quejas que la gente atribuye a «efectos secundarios» son en realidad un problema de temporización. La melatonina no apaga un interruptor: mueve el reloj. Si la tomas demasiado tarde (ya en la cama, o de madrugada tras un despertón) la señal de «es de noche» se prolonga hasta bien entrada la mañana, y el resultado es la somnolencia espesa del día siguiente. La solución no suele ser reducir de 5 a 3 mg: es adelantarla. Cómo funciona esa ventana está explicado en detalle en para qué sirve la melatonina. Y si la razón por la que la tomas es que te despiertas de madrugada, conviene saber que ahí es donde menos efecto tiene: revisa mejor por qué te despiertas a las cuatro.

Cuándo dejar de tomarla e ir al médico

Suspende y consulta si aparecen palpitaciones, mareo intenso, cambios de humor marcados o empeoramiento del ánimo, pesadillas persistentes que alteran la noche, o cualquier reacción cutánea. Consulta también, aunque la toleres perfectamente, si llevas más de un mes tomándola a diario y sigues levantándote cansado. Eso no es un problema de melatonina: es una señal de que lo que rompe tu noche no es el reloj. Ronquido con pausas, despertares con el corazón acelerado o somnolencia diurna persistente apuntan a apnea del sueño, y ningún suplemento la trata.

Dónde encaja SleepTrace

La forma barata de saber si la melatonina te está haciendo algo es medir, no recordar. SleepTrace escucha la noche con el móvil (iPhone o Android), sin pulsera, y solo recoge sonido: estima cuándo te dormiste y cuántos despertares hubo, y marca con su hora el ronquido y las posibles pausas respiratorias. Con eso puedes comparar dos semanas con y dos semanas sin, mirando la misma estimación en lugar de la impresión del desayuno, y ver si detrás del cansancio hay un patrón respiratorio que ninguna pastilla va a resolver. La aplicación debe quedarse abierta, con el móvil en el cargador.

Preguntas frecuentes

En la revisión de 37 ensayos aleatorizados, la somnolencia diurna fue el más habitual (1,66 % de los participantes), seguida de cefalea, otros efectos relacionados con el sueño y mareo (0,74 % cada uno) e hipotermia (0,62 %). Casi todos fueron leves y se resolvieron solos en pocos días o al suspender.

Conviene no tomarla por cuenta propia en embarazo y lactancia, en menores sin indicación médica, en epilepsia, en enfermedades autoinmunes o con tratamiento inmunosupresor, y con anticoagulantes o antihipertensivos. También hay que evitar conducir en las horas siguientes a la toma.

Los estudios de más de seis meses no han encontrado una señal de daño clara, pero son pocos y con poca calidad metodológica, así que el uso prolongado no está bien caracterizado. El problema práctico de tomarla cada noche es que puede enmascarar una causa tratable, como una apnea, en vez de resolverla.

Casi siempre es cuestión de hora, no de miligramos: si la tomas ya en la cama o de madrugada, la señal nocturna se prolonga hasta la mañana. Adelantar la toma unas horas y bajar a la dosis mínima suele quitar esa somnolencia residual.

Sí. En un estudio con cinco voluntarios, la fluvoxamina multiplicó por 17 el área bajo la curva de la melatonina y por 12 su concentración máxima. También se han descrito casos con anticoagulantes como la warfarina o con antihipertensivos, así que conviene comentarlo con tu farmacéutico o tu médico.

Es la hormona que la glándula pineal libera al anochecer y que funciona como señal de «es de noche»; no es un sedante. En un metaanálisis de 19 estudios con 1.683 personas, tomarla redujo el tiempo para dormirse en unos 7 minutos y aumentó el tiempo total de sueño en unos 8 minutos frente a placebo: efectos modestos.

No. La de liberación inmediata sube y baja pronto; la de liberación prolongada se libera durante unas horas. La Agencia Europea de Medicamentos recoge una de 2 mg, con receta, para el insomnio primario a corto plazo (hasta 13 semanas) en mayores de 55 años. Fuera de ahí, la forma y la dosis las decide un profesional.

Fuentes

  1. Besag FMC, Vasey MJ, Lao KSJ, Wong ICK. Adverse Events Associated with Melatonin for the Treatment of Primary or Secondary Sleep Disorders: A Systematic Review.. CNS Drugs (2019). Europe PMC
  2. Foley HM, Steel AE. Adverse events associated with oral administration of melatonin: A critical systematic review of clinical evidence.. Complement Ther Med (2019). Europe PMC
  3. Erland LA, Saxena PK. Melatonin Natural Health Products and Supplements: Presence of Serotonin and Significant Variability of Melatonin Content.. J Clin Sleep Med (2017). Europe PMC
  4. Lelak K, Vohra V, Neuman MI, Toce MS, Sethuraman U. Pediatric Melatonin Ingestions - United States, 2012-2021.. MMWR Morb Mortal Wkly Rep (2022). Europe PMC
  5. Härtter S, Grözinger M, Weigmann H, Röschke J, Hiemke C. Increased bioavailability of oral melatonin after fluvoxamine coadministration.. Clin Pharmacol Ther (2000). Europe PMC
  6. Wade AG, Ford I, Crawford G, McMahon AD, Nir T, Laudon M, Zisapel N. Efficacy of prolonged release melatonin in insomnia patients aged 55-80 years: quality of sleep and next-day alertness outcomes.. Curr Med Res Opin (2007). Europe PMC
  7. Ferracioli-Oda E, Qawasmi A, Bloch MH. Meta-analysis: melatonin for the treatment of primary sleep disorders.. PLoS One (2013). Europe PMC

SleepTrace es una app de bienestar, no un producto sanitario. Este artículo es información general, no consejo médico. Si tus síntomas son frecuentes, intensos o te preocupan, habla con un médico.


Los efectos secundarios los notas tú, y conviene anotar cuándo empezaron. SleepTrace aporta la otra mitad: fases estimadas por el sonido, ronquidos y posibles pausas respiratorias, noche a noche. No mide la dosis, las interacciones ni cómo te sientes, y no puede decir si la causa es la melatonina; si dudas de un efecto, consúltalo con tu médico o farmacéutico.

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