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Melatonina efectos secundarios: qué aparece y con qué frecuencia

La melatonina tiene fama de inofensiva, y en dosis normales su perfil de efectos adversos es realmente discreto. Pero «discreto» no es «cero», y hay tres cosas que casi nadie menciona: lo mal etiquetados que están muchos productos, con quién no se lleva bien, y por qué el efecto molesto más habitual no es toxicidad sino mala hora.

8 min de lectura · Actualizado el 26/09/2026 · Información general de bienestar, no un diagnóstico médico

La respuesta corta

En las revisiones sistemáticas de ensayos aleatorizados, los efectos secundarios de la melatonina son poco frecuentes y leves: somnolencia diurna en torno al 1,7 % de los participantes, cefalea, mareo y otros efectos relacionados con el sueño por debajo del 1 % cada uno. Casi todos desaparecen solos en unos días o al dejar de tomarla. Las contraindicaciones y precauciones que sí importan son el embarazo y la lactancia, la infancia sin indicación médica, la epilepsia, las enfermedades autoinmunes y el uso junto a anticoagulantes, antihipertensivos o inmunosupresores. Hay dos problemas menos comentados: el contenido real de los suplementos varía enormemente respecto a la etiqueta, y las intoxicaciones pediátricas por ingestión accidental se han disparado. Si notas resaca matinal, el sospechoso número uno no es la dosis, es la hora.

Casi todas las páginas sobre este tema hacen lo mismo: sueltan una lista de veinte síntomas posibles sin decir cuántas personas los tienen. Así cualquier sustancia parece peligrosa. Aquí vamos al revés — primero las cifras de los ensayos, después las situaciones en las que de verdad hay que tener cuidado, y al final dos problemas que no salen en la ficha del producto y que en la práctica causan más disgustos que la molécula en sí.

Melatonina efectos secundarios: las cifras de los ensayos

Una revisión sistemática de 2019 recogió 37 ensayos aleatorizados y controlados con placebo de melatonina para trastornos del sueño, con dosis diarias entre 0,15 y 12 mg y seguimientos de hasta 29 semanas. Los efectos adversos notificados con más frecuencia fueron:

  • Somnolencia diurna — 1,66 %. El más común con diferencia. En la práctica es la «resaca» de melatonina: te levantas espeso, como si aún fuera de noche.
  • Cefalea — 0,74 %. Dolor de cabeza leve, normalmente el primer día o dos.
  • Otros efectos relacionados con el sueño — 0,74 %. Sueños muy vívidos, pesadillas, sensación de sueño más agitado.
  • Mareo — 0,74 %.
  • Hipotermia — 0,62 %. Descenso leve de la temperatura corporal, coherente con lo que la melatonina hace de forma natural al anochecer.

Los autores registraron muy pocos efectos considerados graves o clínicamente relevantes; entre los que aparecieron alguna vez estaban agitación, fatiga, cambios de humor, pesadillas, irritación cutánea y palpitaciones. Y un dato práctico importante: la mayoría se resolvieron solos en unos días sin tocar la dosis, o inmediatamente al suspenderla. Una segunda revisión crítica del mismo año, sobre 50 estudios controlados, llegó a una conclusión parecida —perfil de seguridad generalmente favorable— pero añadió un matiz que conviene retener: los pocos efectos sobre función endocrina (parámetros reproductivos, metabolismo de la glucosa) y cardiovascular (tensión arterial, frecuencia cardiaca) que se detectaron dependían de la dosis, de la hora de la toma y de posibles interacciones con antihipertensivos.

Estructura química de la melatonina (N-acetil-5-metoxitriptamina). Es una hormona endógena, no un fármaco sintetizado desde cero: por eso su perfil de efectos adversos es discreto, pero también por eso interactúa con sistemas hormonales.
Estructura química de la melatonina (N-acetil-5-metoxitriptamina). Es una hormona endógena, no un fármaco sintetizado desde cero: por eso su perfil de efectos adversos es discreto, pero también por eso interactúa con sistemas hormonales. Molekülstruktur Melatonin · PubChem (gemeinfrei)

Contraindicaciones y situaciones de precaución

Aquí no hay una lista oficial universal, porque en Europa la melatonina está a caballo entre medicamento y complemento alimenticio según la dosis. Pero hay situaciones en las que el consenso clínico es pedir opinión médica antes:

  • Embarazo y lactancia. No hay datos suficientes de seguridad en humanos. No es que se haya demostrado daño: es que no se ha estudiado lo bastante como para decir que no lo hay. Si el problema es dormir estando embarazada, hay un abordaje específico y mucho mejor estudiado.
  • Niños y adolescentes, sin indicación médica. El uso pediátrico con mejor evidencia está en trastornos del neurodesarrollo y lo pauta un especialista. Fuera de eso, la decisión no debería tomarse en el pasillo de la farmacia.
  • Anticoagulantes y antiagregantes. Se ha descrito potenciación del efecto; con warfarina especialmente.
  • Antihipertensivos. La interacción funciona en los dos sentidos y depende de la hora de la toma: motivo suficiente para comentarlo si tomas tensión.
  • Epilepsia. Los datos son contradictorios —en algunos estudios ayuda, en otros se han descrito más crisis— y eso, en epilepsia, significa consultar.
  • Enfermedades autoinmunes e inmunosupresores. La melatonina tiene actividad inmunomoduladora; con tratamiento inmunosupresor la combinación no es trivial.
  • Diabetes o prediabetes. La melatonina tomada cerca de una comida puede empeorar la tolerancia a la glucosa en algunas personas. Separarla de la cena es lo prudente.
  • Conducción y maquinaria. Si la tomas y tienes que conducir en las horas siguientes, no lo hagas: la somnolencia es el efecto más frecuente por algo.

El problema que no está en la etiqueta

Este es el hallazgo que más debería cambiar tu forma de comprar. Un análisis publicado en 2017 cuantificó por cromatografía el contenido real de 31 suplementos comerciales de melatonina. El contenido osciló entre un 83 % menos y un 478 % más de lo que declaraba la etiqueta. Más del 71 % de los productos se salía de un margen del 10 % respecto a lo anunciado, y dentro de un mismo producto la variación entre lotes llegó al 465 %. Por si fuera poco, ocho de los suplementos contenían serotonina, de 1 a 75 microgramos, una sustancia que no pinta nada en un suplemento de venta libre.

La consecuencia práctica es incómoda: cuando alguien dice «tomo 3 mg», a menudo no sabe lo que está tomando, y ajustar la dosis con precisión es imposible si la referencia baila. Es un argumento de peso a favor de los preparados con control farmacéutico frente a las gominolas de importación.

Guárdala como guardarías un medicamento. Entre 2012 y 2021, los centros de toxicología de Estados Unidos registraron 260.435 ingestiones pediátricas de melatonina, con un aumento anual del 530 %. La mayoría fueron ingestiones no intencionadas en menores de cinco años, y en ese periodo cinco niños necesitaron ventilación mecánica y dos fallecieron. El envase con forma de caramelo es parte del problema: fuera del alcance de los niños, con cierre, y nunca en la mesilla.

Cuando el efecto molesto es de hora, no de dosis

Muchas de las quejas que la gente atribuye a «efectos secundarios» son en realidad un problema de temporización. La melatonina no apaga un interruptor: mueve el reloj. Si la tomas demasiado tarde —ya en la cama, o de madrugada tras un despertón— la señal de «es de noche» se prolonga hasta bien entrada la mañana, y el resultado es la somnolencia espesa del día siguiente. La solución no suele ser reducir de 5 a 3 mg: es adelantarla. Cómo funciona esa ventana está explicado en detalle en para qué sirve la melatonina. Y si la razón por la que la tomas es que te despiertas de madrugada, conviene saber que ahí es donde menos efecto tiene: revisa mejor por qué te despiertas a las cuatro.

Cuándo dejar de tomarla e ir al médico

Suspende y consulta si aparecen palpitaciones, mareo intenso, cambios de humor marcados o empeoramiento del ánimo, pesadillas persistentes que alteran la noche, o cualquier reacción cutánea. Consulta también —aunque la toleres perfectamente— si llevas más de un mes tomándola a diario y sigues levantándote cansado. Eso no es un problema de melatonina: es una señal de que lo que rompe tu noche no es el reloj. Ronquido con pausas, despertares con el corazón acelerado o somnolencia diurna persistente apuntan a apnea del sueño, y ningún suplemento la trata.

Dónde encaja SleepTrace

La forma barata de saber si la melatonina te está haciendo algo es medir, no recordar. SleepTrace graba la noche con el micrófono del iPhone y reconstruye a partir del audio cuándo te dormiste de verdad, cuántas veces te moviste o despertaste, y si hubo ronquido o pausas. Con eso puedes comparar dos semanas con y dos semanas sin, mirando la misma métrica en lugar de la impresión del desayuno — y, sobre todo, ver si detrás del cansancio hay un patrón respiratorio que ninguna pastilla va a resolver.

Preguntas frecuentes

En la revisión de 37 ensayos aleatorizados, la somnolencia diurna fue el más habitual (1,66 % de los participantes), seguida de cefalea, otros efectos relacionados con el sueño y mareo (0,74 % cada uno) e hipotermia (0,62 %). Casi todos fueron leves y se resolvieron solos en pocos días o al suspender.

Conviene no tomarla por cuenta propia en embarazo y lactancia, en menores sin indicación médica, en epilepsia, en enfermedades autoinmunes o con tratamiento inmunosupresor, y con anticoagulantes o antihipertensivos. También hay que evitar conducir en las horas siguientes a la toma.

Los estudios de más de seis meses no han encontrado una señal de daño clara, pero son pocos y con poca calidad metodológica, así que el uso prolongado no está bien caracterizado. El problema práctico de tomarla cada noche es que puede enmascarar una causa tratable, como una apnea, en vez de resolverla.

Casi siempre es cuestión de hora, no de miligramos: si la tomas ya en la cama o de madrugada, la señal nocturna se prolonga hasta la mañana. Adelantar la toma unas horas y bajar a la dosis mínima suele quitar esa somnolencia residual.

Fuentes

  1. Besag FMC, Vasey MJ, Lao KSJ, Wong ICK. Adverse Events Associated with Melatonin for the Treatment of Primary or Secondary Sleep Disorders: A Systematic Review.. CNS Drugs (2019). Europe PMC
  2. Foley HM, Steel AE. Adverse events associated with oral administration of melatonin: A critical systematic review of clinical evidence.. Complement Ther Med (2019). Europe PMC
  3. Erland LA, Saxena PK. Melatonin Natural Health Products and Supplements: Presence of Serotonin and Significant Variability of Melatonin Content.. J Clin Sleep Med (2017). Europe PMC
  4. Lelak K, Vohra V, Neuman MI, Toce MS, Sethuraman U. Pediatric Melatonin Ingestions - United States, 2012-2021.. MMWR Morb Mortal Wkly Rep (2022). Europe PMC

SleepTrace es una app de bienestar, no un producto sanitario. Este artículo es información general, no consejo médico. Si tus síntomas son frecuentes, intensos o te preocupan, habla con un médico.


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